Una copia di detto inventario fu consegnata al superiore, p. Felice da Gildone. Il convento non fu soppresso per l’energico intervento del sindaco che lo motivò con l’apostolato generoso svolto dai frati “ per il comodo delle Messe e dei Sacramenti” e perché “i frati sono esemplarissimi e che la popolazione ne vive soddisfattissima e resterebbe in un vero lutto se dovesse restar priva di questo solo convento che forma l’unico sollievo della medesima, la quale presta ben volentieri colle limosine fino a mantenere attualmente sedici individui”. Un altro motivo della richiesta di non soppressione da parte del sindaco fu che nel convento vi era l’unico lanificio per la fabbrica del panno per i vestiari ad uso di tutti i religiosi cappuccini esistenti nella provincia sotto il titolo di ‘S. Angelo’. 
Fu chiuso nel 1867 divenendo di appartenenza della Cassa Ecclesiastica – Fondo per il Culto. In data 10 giugno 1867 il Fondo cedette tutto lo stabile al comune di S. Marco. Fu riaperto nel 1901 per l’interessamento del provinciale, p. Pio da Benevento. Nel 1922 il Fondo per il Culto cedette tutto lo stabile all’Ordinario Diocesano. Il 1° giugno 1966, mons. Cunial, vescovo di Lucera, restituì il convento all’Ente Provincia Monastica, ma tale donazione fu ritenuta invalida dal Ministero dell’Interno in quanto il vescovo non era il padrone del convento ma solo l’usufruttuario