Partirono dalla chiesa madre e, giunti dinanzi alla diruta chiesa del Purgatorio, ognuno prese una pietra da portare nel luogo in cui doveva sorgere il convento. Verso sera molti furono spettatori di uno straordinario evento: una grande croce bianca e luminosa, che pareva raggiungesse il cielo, si levò dal monticello di pietre restando fissa per circa mezz’ora. Poi, gradualmente, scomparve verso il cielo. Il Cardinale Luigi Lavitrano, il 13 giugno 1926, benedisse la prima pietra su cui era incisa l’immagine di San Michele Arcangelo nell’atto di colpire a morte l’angelo ribelle. Le pietre venivano portate al cantiere del costruendo convento domenicalmente da una folla di Pietrelcinesi, guidata dall’arciprete don Salvatore Pannullo. Ci vollero ben due anni per terminare il convento che, però, non ebbe frati per via di alcuni contrasti.
Sopravvenne la guerra ed i locali del convento furono adibiti ad alloggio per le truppe militari alleate, le quali lasciarono i locali in uno stato pietoso. Risistemata la struttura, verso il mese d’aprile del 1947 vennero finalmente i primi frati cappuccini, il cui superiore era padre Luca da Vico del Gargano. A dare il benvenuto ai frati da parte della comunità pietrelcinese vi fu il sindaco cav. Bonavita, l’arciprete don Albino Catalano e il presidente dell’Azione Cattolica. L’anno successivo si inaugurava il Seminario. Intanto, in base al progetto dell’ing. Milani si portò a termine la chiesa annessa al convento, dedicata alla Sacra Famiglia, la cui consacrazione avvenne il giorno 19 maggio 1951 da parte di mons. Agostino Mancinelli, Arcivescovo di Benevento. Il 6 settembre 1971 viene inaugurato un monumento a Padre Pio da Pietrelcina, antistante al convento, immerso nel verde riposante delle aiuole. Padre Pio, in atteggiamento paterno e premuroso, sembra calato in un dolce colloquio con tre «fratini» che Gli porgono in dono il plastico del Seminario annesso al convento, uno dei più bei monumenti bronzei che finora sono stati dedicati al Frate Stimmatizzato. Attualmente il convento dei Frati Cappuccini, oltre a segnare una sorta di continuazione ideale della presenza di Padre Pio a Pietrelcina attraverso il saio dei suoi confratelli, rappresenta un primario punto di riferimento per i pellegrini che si recano in visita ai luoghi natali di Padre Pio.