Este convento, como muchos otros, sufrió la ola de la supresión en los diez años de dominación francés. El 14 de agosto de 1808 la comisión gobernativa formada por el alcalde Giovanni Verna, Francescantonio Ventrella y por el arcipreste Nicoló Cascavilla, en presencia de los testigos Michele Carrabba, Costanzo Fraticelli y Vincenzo D’Errico, escribió el inventario de todo lo que existía en el convento y en la iglesia. El inventario justamente firmado fue entregado al p. Francesco Maria de Rodi, superior del convento. La supresión fue realizada el 4 de julio de 1811. Ese día los encargados legales para la supresión, Francescantonio Ventrella y Salvatore Cafaro, reunieron a la fraternidad con el superior, el p. Giovanni Maria da Monte Sant’Angelo y siguieron con la realización del nuevo inventario. Los frailes asistieron a este acto con lágrimas en los ojos. A estos frailes les ordenaron obligatoriamente que abandonaran el convento dentro de cuatro días a partir del 8 de octubre de 1811. El 7 de febrero de 1812 el convento fue invadido por “varios asesinos bien armados”. Para que esto no se repitiera, el alcalde pidió al Intendente que permitiera que algunos ex capuchinos, aunque fuera como curas, pudieran ser los custodios del convento y de la iglesia. El convento volvió a abrir en 1816 y fue cerrado con la llegada del gobierno masónico italiano en 1866. El 16 de junio de 1886 los locales del convento fueron puestos en venta por el Estado. Fue abierto de nuevo en 1909 y en 1925 fue dado a los frailes en enfiteusis perpetua. En 1952 se amplió el convento. En 1959 fue inaugurado el santuario de S. María de las Gracias, proyectado por el arquitecto Giuseppe Gentile de Bojano (CB); el 1 de julio de 2004 se inauguró la nueva iglesia de S. Pío de Pietrelcina, proyectada por el arq. Renzo Piano.
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