El 19 de septiembre de 1903, mons. Felice Gianfelice, Obispo diocesano, por carencia de clero y por deseo del pueblo, había pedido por escrito al padre General que los Capuchinos volviesen a Campobasso. Sin embargo, por falta de ambientes idóneos para vivir, no fue posible satisfacerle. El 15 de diciembre de 1904, contemporáneamente, el arcipreste don Carlo Pistilli y Mons. Gianfelice escribieron al Provincial, P. Pio de Benevento, proponiéndole la custodia de la iglesita que se encontraba en las afueras del pueblo, en cima a la montaña sobresaliente la ciudad.
En el pasado había sido la capilla funeraria de los Monforte y luego la Iglesia del arcipreste, cuyo título era “S. María la Mayor” además de Santuario dedicado a la “Virgen del Monte”, la cual fue coronada solemnemente con decreto Vaticano, el 15 de Junio del mismo año 1904. El Obispo, además, proponía siete condiciones, a las cuales subordinaba la entrega del santuario. El 3 de febrero de 1905, el Provincial aceptó tanto el cuidado de la iglesita, como las siete condiciones. El recurso de un sacerdote local a la S. Congregación para los Obispos y los Regulares paró el deseado retorno de los Capuchinos a Campobasso. El 15 de febrero de 1905, Mons. Gianfelice, con un largo informe al Cardenal Prefecto de la ya mencionada Congregación, defendió y motivó su decisión. El recurso fue archivado, y el 25 de mayo del mismo año, tres Capuchinos, entre los cuales estaba también el mismo provincial, el P. Pío de Benevento, tomaron posesión del Santuario. Después de haber tomado posesión, pensaron de restaurar y embellecer la iglesita, encargando a Abele Valerio su decoración.
El 30 de mayo de 1911, hubo la solemne inauguración; el día después, siguió la solemnísima procesión de finales de mayo, que se repite cada año. Un Rescripto pontificio del 18 de mayo de 1921 ratificó y aprobó la cesión perpetua de 1905 del Santuario del Monte a los Capuchinos, con la cláusula con aprobación de la Sede Apostólica, de manera que ni el Obispo puede tomar de nuevo posesión de ella, ni los Capuchinos pueden dejarlo sin aprobación de la Santa Sede. Otro Rescripto de la S. Congregación para los Religiosos, del 26 de julio de 1921, dio a la Provincia Capuchina la facultad de asumir el empeño perpetuo de oficiar en la Iglesia. En el octubre de 1931, cuando se abrió el convento más grande dedicado al “Sagrado Corazón”, por una disposición de la Congregación Capitular (del agosto precedente), la pequeña fraternidad del Santuario se volvió Hospicio, el cual dependía del Superior del mismo convento. Quedó así hasta 1954, cuando fue declarada independiente. Actualmente el santuario hace parte del convento del Sagrado Corazón situado en la ciudad.