Wie so viele andere Klöster wurde auch dieses unter der französischen Regierung aufgehoben. Am 14. August 1808 machte die Regierungskommission bestehend aus dem Bürgermeister Giovanni Verna, Francescantonio Ventrella und dem Erzpriester Nicolò Cascavilla im Beisein der Zeugen Michele Carrabba, Costanzo Fraticelli und Vincenzo D‘Errico eine Bestandsaufnahme aller im Kloster und der Kirche befindlichen Dinge.
Das ordnungsgemäß unterschriebene Verzeichnis wurde dem Klosteroberen P. Francesco Maria aus Rodi übergeben. Am 4. Juli 1811 wurde das Kloster aufgehoben. Die zur Schließung beauftragten Beamten Francescantonio Ventrella und Salvatore Cafaro versammelten die Klostergemeinschaft mit ihrem Oberen P. Giovanni Maria aus Monte Sant’Angelo und lasen die neuen Verfügungen vor. Die Mönche hörten mit Tränen in den Augen zu. Sie mussten das Kloster innerhalb von vier Tagen ab dem 8. Oktober 1811 zu verlassen. Am 7. Februar 1812 drang ein Gruppe ‚mehrerer gut bewaffneter Mörder‘ ins Kloster ein, und damit das nicht wieder passierte, bat der Bürgermeister den Verwalter, einigen Ex-Kapuzinern, im Priestergewand zwar, zu erlauben, das Kloster und die Kirche zu bewachen. 1816 wurde das Kloster wieder geöffnet und 1866, als in Italien die Freimaurer an die Regierung kamen, erneut geschlossen. Am 16. Juni 1886 bot der Staat das Kloster zum Verkauf an. 1909 wurde es wieder geöffnet und 1925 überließ man es den Mönchen auf unbegrenzte Zeit in Erbpacht. 1952 wurde das Kloster vergrößert; 1959 wurde die Kirche „S. Maria delle Grazie“ nach den Entwürfen von Arch. Giuseppe Gentile aus Bojano (CB) eingeweiht, und am 1. Juli 2004 weihte man die neue Wallfahrtskirche San Pio da Pietrelcina von Architekt Renzo Piano.
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