Geschichte: Pater Pio hatte Mary Pyle, eine reiche amerikanische Wohltäterin und seine geistige Tochter, persönlich um den Bau eines Klosters und einer Kirche, die nach seinem eigenen Wunsch der Heiligen Familie geweiht werden sollte, gebeten. Nachdem sie eingewilligt und man von Herrn Silvestri, einem Anwalt, das Grundstück erhalten hatte, wurden die Baupläne für das Kloster von Ing. Todini im Vatikan eingereicht. Der Baubeginn erfüllte die Bewohner von Pietrelcina mit solcher Begeisterung, dass sie sofort eine Prozession organisierten, mit einer Blaskapelle, die den Zug anführte, gefolgt von den kirchlichen und zivilen Würdenträgern und allen Gläubigen. Man ging bei der Pfarrkirche los, und als man an der verfallenen Kirche „del Purgatorio“ (Zum Fegefeuer) ankam, nahm jeder einen Stein und trug ihn zu dem Platz, wo das Kloster entstehen sollte. Am Abend wurden viele Einwohner Zeugen eines außerordentlichen Ereignisses: ein großes weißes, leuchtendes Kreuz, das bis zum Himmel zu reichen schien, stand etwa eine halbe Stunde lang über dem Steinhaufen, bis es allmählich in den Sternen verschwand. Kard. Luigi Lavitrano legte am 13. Juni 1926 den Grundstein, worin ein Bild des Erzengels Michael, der dem aufrührerischen Engel den Todesstoß versetzt, eingemeißelt war. Jeden Sonntag trug die Menge, angeführt vom Erzpriester Don Salvatore Pannullo, Steine zur Baustelle hinauf des. Es dauerte zwei Jahre, bis das Kloster fertig war, aber es fehlten die Mönche aufgrund verschiedener Streitigkeiten. Als der Krieg ausbrach, wurden die Räume als Unterkünfte für die alliierten Truppen umfunktioniert. Diese hinterließen sie in einem trostlosen Zustand.
Nachdem alles wieder hergerichtet war, zogen im April 1947 endlich die ersten Kapuzinerbrüder ein. Ihr Oberer war Pater Luca aus Vico del Gargano. Bürgermeister Cav. Bonavita hieß sie zusammen mit dem Erzpriester Don Albino Catalano und dem Präsidenten der Katholischen Aktion im Namen alle Einwohner der Stadt willkommen. Im Folgejahr wurde das Studienhaus eingeweiht, und inzwischen arbeitete man auch an der Fertigstellung der Klosterkirche nach den Entwürfen von Ing, Milani. Sie wurde am 19. Mai 1951 durch den Erzbischof von Benevent Msgr. Agostino Mancinelli der Heiligen Familie geweiht. Am 6. September 1971 wurde vor dem Kloster, inmitten einer Grünanlage ein Denkmal von Pater Pio aus Pietrelcina aufgestellt. Es zeigt ihn in väterlich-fürsorglicher Haltung im Gespräch mit drei „Mönchlein“, die ihm eine Plastik des Studienhauses neben dem Kloster überreichen. Es ist eines der schönsten Bronzedenkmäler, die dem stigmatisierten Ordensmann bisher gewidmet wurden. Heute ist das Kapuzinerkloster eine Art Kennzeichen für die Fortsetzung der Gegenwart von Pater Pios in Pietrelcina durch seine Mitbrüder, und ein Hauptanziehungspunkt für die Pilger, die den Geburtsort des Heiligen besuchen.