En souvenir de ce miracle, une statue de l’archange Saint Michel fut érigée dans une niche, au-dessus du grand portail de l’église de Saint Léonard. La véritable « histoire » de la ville des temps modernes commence avec Padre Pio, auquel elle est indissolublement liée pour toujours. Le 28 juillet 1916, Padre Pio arriva de Foggia pour la première fois au couvent de Santa Maria delle Grazie, où il fut accueilli gaiement par les quelques religieux, qui n’avaient pas encore été appelés sous les drapeaux, et par les élèves du séminaire franciscain.
« Les jours que passa Padre Pio à San Giovanni Rotondo – écrivit Padre Paolino – lui firent le plus grand bien, vu son physique ». Le 5 août, Padre Pio alla de nouveau à Foggia et le 4 septembre il repartit pour San Giovanni Rotondo. Le séjour provisoire se transforma en un séjour définitif, uniquement interrompu par de brèves absences, pour des raisons spirituelles et militaires. À l’arrivée de Padre Pio, il y n’avait personne autour du couvent, rien que « quelques troupeaux de chèvres et de moutons, qui grimpaient dans la montagne. Un petit sentier permettait l’accès au village ». Les Capucins arrivèrent à San Giovanni Rotondo en 1540. Ils y vinrent, parce qu’ils en avaient été priés avec insistance par toute la ‘Communauté’.
Ils érigèrent la croix sur un terrain aux flancs du Montenero, où on l’admire encore aujourd’hui. Elle se trouve devant la nouvelle esplanade, en face d’une aile du premier couvent avec la porte d’entrée, la façade de l’ancienne église et celle de la nouvelle église du Pèlerin à gauche, et, à droite, le monumental «Chemin de Croix» et la «Maison du Soulagement de la Souffrance», hôpital célèbre dans le monde entier. Le couvent de Santa Maria delle Grazie, qui accueillit Padre Pio dans ses murs, devint rapidement un asile de sainteté. Au cours des deux premières années de son séjour à San Giovanni Rotondo, Padre Pio associa toujours à la vie religieuse, saintement vécue, et à ses activités scrupuleuses de Directeur du Collège franciscain, une activité sacerdotale de directeur de consciences pour un nombre de personnes toujours croissant. La stigmatisation sanglante de Padre Pio, qui se produisit le 20 septembre 1918, fut un grand événement pour San Giovanni Rotondo et le monde entier. De nos jours, Santa Maria delle Grazie, bénie et sanctifiée par les prières et les larmes de Padre Pio, témoin de conversions retentissantes et de retours à la foi, source d’actes merveilleux de charité et d’amour pour l’humanité souffrante, sanctuaire de grâces et de prodiges, continue à exercer une attraction irrésistible sur ceux qui y entrent. Certains retrouvent le Christ qu’ils avaient abandonné et la foi qu’ils avaient perdue.
D’autres entendent du fond du coeur la voix mystérieuse de Padre Pio, qui, du silence du sépulcre, parle de la vanité des biens de ce monde et de la joie pure d’une vie passée à servir Dieu et les hommes. Le 16 mai 1993, le Padre Provinciale Mariano Di Vito a béni le «Bâti de l’église» de cette nouvelle construction, conçue par l’architecte Renzo Piano, pour accueillir un grand nombre de fidèles et de fils spirituels de Padre Pio. On raconte que, en 1959, lors de l’inauguration du sanctuaire de Santa Maria delle Grazie, Padre Pio s’exclama, avec sa bonhomie bourrue habituelle, en s’adressant à ses confrères: « Qu’avez-vous fait, une boîte d’allumettes »?. Il savait déjà que, pour contenir la multitude des ‘appelés’, il aurait fallu une construction imposante. Saint François disait: « Qui me donnera une pierre recevra une récompense, qui arrivera avec deux pierres en recevra deux, avec trois pierres autant de récompenses! ». La participation populaire à cette grande oeuvre est extraordinaire: on peut offrir un banc, un mètre carré de sol, une journée de travail, ou un tuyau d’orgue, une pierre, une pièce de monnaie, car chacun donne ce qu’il peut. Dans un livre d’or, qui sera toujours conservé en souvenir dans le sanctuaire, on trouvera les noms de tous les « porteurs de pierres ».
Pour informations sur les visites accompagnées aux lieux de Padre Pio, vous pouvez contacter le Bureau des Pèlerinages (Tél. 0882 / 41.75.00 – email info@santuariopadrepio.it)