L’origine de Morcone, ville agricole du massif du Matese, date de l’époque samnite.
Certains historiens ont identifié le village comme étant l’ancienne ville de Mucre, avec des murs dont on peut encore aujourd’hui admirer les ruines de forme polygonale.
Le couvent, construit sur les pentes du mont habité, a été restauré. Les Capucins, appelés par le marquis de Morcone, allèrent « en prendre possession » le 27 mai 1603, « ils y plantèrent la Croix »; le lendemain, on posa la première pierre de l’ancienne chapelle appelée San Filippo. À part de brèves interruptions, le couvent a toujours été un lieu de noviciat. L’année de noviciat a pour but d’aider le nouveau venu à apprendre les règles de sa nouvelle vie qu’il ne connaît pas, à comprendre ce qu’est un Capucin et comment il doit vivre.
Francesco (le futur Frate Pio) frappa à la porte du couvent le 6 janvier 1903 et eut une bonne surprise. Celui qui vint lui ouvrir était Frate Camillo qui venait de Sant’Elia a Pianisi (1871-1933). Ce frère quêteur allait souvent de Morcone à Pietrelcina, si bien que son visage était resté gravé dans l’esprit et dans le coeur de l’adolescent. Frate Camillo l’accueillit avec une cordialité joyeuse: « Franci’: bravo, bravo! Tu as été fidèle à la promesse et à l’appel de Saint François » et il l’accompagna le chez Père supérieur des novices.
Dans ce couvent, où Francesco fut soumis à une discipline dure, mais acceptée avec conviction – car il avait choisi une voie difficile – il prit les « habits de probation » le 22 janvier 1903 aux pieds du maître-autel à 9 heures du matin, devant le Maître et en présence des moines et des novices. Il décida de s’appeler Frate Pio da Pietrelcina. Avec quelles intentions entra-t-il au couvent et avec quel fut son engagement pendant son année de noviciat? Il le dit lui-même dans une lettre autobiographique de 1922: « Que Jésus me fasse la grâce d’être un fils digne de Saint François. Que je puisse être un exemple pour mes frères, de façon à ce que la ferveur continue toujours et s’accroisse de plus en plus en moi, pour faire de moi un capucin parfait ».