Das Städtchen (besser gesagt die Ansiedlung) geht wahrscheinlich auf das 10.-11. Jh. zurück, als Hirten in den Sümpfen (auf lateinisch lamae) dieser Gegend Zuflucht vor den Beutezügen der Sarazenen suchten.

Zur Zeit der Erscheinungen des Erzengels Michael war das Kloster bereits ein Teil der "Via Sacra Langobardorum", des Pilgerwegs der Langobarden, und diente als Hospiz in dem die Wallfahrer Unterkunft fanden, bevor sie nach Monte Sant'Angelo weiterzogen. Die Benediktiner verwandelten das Pilgerhospiz in eine Abtei, die weiterhin eine wichtige Station der Wallfahrten blieb. Um das Jahr 1300 übernahmen die Zisterzienser das Kloster, und 1578 schließlich die Franziskaner. Gegen Ende des 15./Anfang des 16. Jh. gelangte das Kloster in den Besitz einer Reliquie des Apostels Matthäus, der in Salerno begraben war. Von diesem Zeitpunkt an nannte sich das Kloster San Matteo und nicht mehr San Giovanni in Lamis. Es wurde außerdem Sitz philosophischer und theologischer Studien.

In seiner äußeren Struktur bewahrt das Kloster bis heute die typische Schlichtheit der Benediktinerbauten: ein langer Gang mit Fenstern zum Klosterhof führt bis zur Kirche. Der Klosterhof, zur Zeit der Benediktiner vielleicht ein Quadriportikus, wurde von den Franziskanern umgestaltet, die auch den alten Brunnen mit einer neuen Einfassung versahen.

Die einschiffige Kirche hat ein Stichkappengewölbe und Seitenkapellen mit barocken Altären. In einem Ziergehäuse auf dem Hochaltar befindet sich eine Holzplastik des Apostels Matthäus, in dem die Kunsthistoriker einen umgestalteten segnenden Christus sehen (13. Jh.).

In den ehemaligen Stallungen ist die prachtvolle Klosterbibliothek mit ihren über 60.000 Bänden untergebracht, darunter mehrere Inkunabeln, 150 Bücher aus dem 16. Jh. sowie die Bestände der Franziskaner. Die Bibliothek besitzt auch eine Antikensammlung mit daunischen und vorgeschichtlichen Funden. In weiteren, bald fertig restaurierten Räumen wird das Museum für religiöse Kunst (Museo di Arte Sacra) untergebracht, das auch die Sammlungen des Klosters zeigen wird (Einrichtungsgegenstände, Messgewänder, Votivgaben u.a.m.). Einen Besuch wert ist auch die große, liebevoll bis in letzte Detail gestaltete Krippenanlage